直接回答：16S rRNA 测序读的是细菌/古菌的身份标签，能看菌群构成与多样性（通常到属水平），成本低、成熟稳定；宏基因组测序读全部微生物 DNA，能到种/株水平并解析功能基因与代谢通路，更全但更贵。二者不是对错之分，而是够用与更深。
一、它们分别测什么
16S：针对细菌/古菌的 16S rRNA 基因可变区扩增测序，呈现物种组成与多样性，常用于大规模健康筛查。
宏基因组（shotgun/WMS）：直接对样本全部微生物 DNA 高通量测序，除物种外还能读功能基因、代谢通路，甚至菌株水平信息。
二、关键区别一览
- 分辨率：16S 通常到属水平；宏基因组可达种/株水平。
- 功能：16S 功能多为预测；宏基因组可实际解析功能基因与通路。
- 成本与周期：16S 成本低、出报告快；宏基因组更贵、分析更复杂、周期更长。
- 适用：想快速了解整体菌群→16S 足够；想深究功能/菌株/疾病风险→宏基因组。
三、在浠艾福怎么用
浠艾福接入的肠道菌群检测由合作方 谷禾健康 以 16S rRNA 测序供给，其官方声明仅用于菌群科学研究和辅助参考，不直接用于临床诊断。对生活方式筛查足够；如需更深功能注释可另行升级路径。
常见问答（FAQ）
- 16S 够用吗？
- 对生活方式筛查足够；如需更深功能注释可升级宏基因组路径。
- 宏基因组能诊断疾病吗？
- 不能。无论哪种方法，菌群检测都定位为参考非诊断，不直接用于临床诊断，涉及疾病风险请就医。
- 检测报告看不懂怎么办？
- 由规划师结合家庭整体情况解读，比自己对着数据更有效。
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说明：本文为健康科普与生活方式参考，不构成医学诊断或治疗建议；涉及疾病风险请咨询执业医师并遵医嘱。食品与营养素不是药品。肠道菌群检测由合作方 16S 供给，仅作参考非诊断。